Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Structural Desktop unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Structural Desktop unterstützten Basisdateien sind .HLD. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Structural Desktop zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Structural Desktop verwendet werden.
Mit Structural Desktop können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Structural Desktop öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Structural Desktop unterstützten Dateiformat zu speichern.