Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Stranded II unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Stranded II unterstützten Basisdateien sind .S2. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Stranded II zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Stranded II verwendet werden.
Mit Stranded II können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Stranded II öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Stranded II unterstützten Dateiformat zu speichern.