Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. STonX unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von STonX unterstützten Basisdateien sind .ST. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in STonX zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von STonX verwendet werden.
Mit STonX können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über STonX öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von STonX unterstützten Dateiformat zu speichern.