Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Stereomerger unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Stereomerger unterstützten Basisdateien sind .MPO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Stereomerger zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Stereomerger verwendet werden.
Mit Stereomerger können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Stereomerger öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Stereomerger unterstützten Dateiformat zu speichern.