Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Star Trek: Elite Force 2 unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Star Trek: Elite Force 2 unterstützten Basisdateien sind .PK3. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Star Trek: Elite Force 2 zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Star Trek: Elite Force 2 verwendet werden.
Mit Star Trek: Elite Force 2 können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Star Trek: Elite Force 2 öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Star Trek: Elite Force 2 unterstützten Dateiformat zu speichern.