Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. SpatialAnalyzer unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von SpatialAnalyzer unterstützten Basisdateien sind .XIT. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in SpatialAnalyzer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von SpatialAnalyzer verwendet werden.
Mit SpatialAnalyzer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über SpatialAnalyzer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von SpatialAnalyzer unterstützten Dateiformat zu speichern.