Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. SonicStage unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von SonicStage unterstützten Basisdateien sind .AT3. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in SonicStage zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von SonicStage verwendet werden.
Mit SonicStage können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über SonicStage öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von SonicStage unterstützten Dateiformat zu speichern.