Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. SnapGene unterstützt mindestens 4 verschiedene Dateiendungen. Die von SnapGene unterstützten Basisdateien sind .FASTA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in SnapGene zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von SnapGene verwendet werden.
Mit SnapGene können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über SnapGene öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von SnapGene unterstützten Dateiformat zu speichern.