Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. SJavaC unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von SJavaC unterstützten Basisdateien sind .SJAVA. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in SJavaC zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von SJavaC verwendet werden.
Mit SJavaC können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über SJavaC öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von SJavaC unterstützten Dateiformat zu speichern.