Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. SignalMap unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von SignalMap unterstützten Basisdateien sind .GFF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in SignalMap zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von SignalMap verwendet werden.
Mit SignalMap können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über SignalMap öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von SignalMap unterstützten Dateiformat zu speichern.