Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ShyFile unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von ShyFile unterstützten Basisdateien sind .SHY. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ShyFile zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ShyFile verwendet werden.
Mit ShyFile können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ShyFile öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ShyFile unterstützten Dateiformat zu speichern.