Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Sequencher unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Sequencher unterstützten Basisdateien sind .ABI. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Sequencher zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Sequencher verwendet werden.
Mit Sequencher können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Sequencher öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Sequencher unterstützten Dateiformat zu speichern.