Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Sequence Alignment and Modeling unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Sequence Alignment and Modeling unterstützten Basisdateien sind .DIST-RDB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Sequence Alignment and Modeling zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Sequence Alignment and Modeling verwendet werden.
Mit Sequence Alignment and Modeling können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Sequence Alignment and Modeling öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Sequence Alignment and Modeling unterstützten Dateiformat zu speichern.