Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Security Nessus unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von Security Nessus unterstützten Basisdateien sind .NESSUS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Security Nessus zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Security Nessus verwendet werden.
Mit Security Nessus können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Security Nessus öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Security Nessus unterstützten Dateiformat zu speichern.