Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. SE-DesktopApps unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von SE-DesktopApps unterstützten Basisdateien sind .OPTIONS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in SE-DesktopApps zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von SE-DesktopApps verwendet werden.
Mit SE-DesktopApps können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über SE-DesktopApps öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von SE-DesktopApps unterstützten Dateiformat zu speichern.