Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. SciTE unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von SciTE unterstützten Basisdateien sind .WS. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in SciTE zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von SciTE verwendet werden.
Mit SciTE können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über SciTE öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von SciTE unterstützten Dateiformat zu speichern.