Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. SC4Tool unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von SC4Tool unterstützten Basisdateien sind .SC4LOT. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in SC4Tool zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von SC4Tool verwendet werden.
Mit SC4Tool können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über SC4Tool öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von SC4Tool unterstützten Dateiformat zu speichern.