Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Sample Cell II unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Sample Cell II unterstützten Basisdateien sind .SC2. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Sample Cell II zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Sample Cell II verwendet werden.
Mit Sample Cell II können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Sample Cell II öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Sample Cell II unterstützten Dateiformat zu speichern.