Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Rune unterstützt mindestens 3 verschiedene Dateiendungen. Die von Rune unterstützten Basisdateien sind .UTX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Rune zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Rune verwendet werden.
Mit Rune können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Rune öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Rune unterstützten Dateiformat zu speichern.