Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. RefTeX unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von RefTeX unterstützten Basisdateien sind .BIB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in RefTeX zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von RefTeX verwendet werden.
Mit RefTeX können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über RefTeX öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von RefTeX unterstützten Dateiformat zu speichern.