Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Reader HD unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Reader HD unterstützten Basisdateien sind .ATOM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Reader HD zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Reader HD verwendet werden.
Mit Reader HD können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Reader HD öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Reader HD unterstützten Dateiformat zu speichern.