Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. RawTherapee unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von RawTherapee unterstützten Basisdateien sind .RW2. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in RawTherapee zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von RawTherapee verwendet werden.
Mit RawTherapee können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über RawTherapee öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von RawTherapee unterstützten Dateiformat zu speichern.