Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Questionmark Secure unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Questionmark Secure unterstützten Basisdateien sind .QMSB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Questionmark Secure zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Questionmark Secure verwendet werden.
Mit Questionmark Secure können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Questionmark Secure öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Questionmark Secure unterstützten Dateiformat zu speichern.