Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. QEMM unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von QEMM unterstützten Basisdateien sind .QDK. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in QEMM zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von QEMM verwendet werden.
Mit QEMM können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über QEMM öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von QEMM unterstützten Dateiformat zu speichern.