Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Puzzle Quest unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Puzzle Quest unterstützten Basisdateien sind .PQHERO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Puzzle Quest zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Puzzle Quest verwendet werden.
Mit Puzzle Quest können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Puzzle Quest öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Puzzle Quest unterstützten Dateiformat zu speichern.