Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PuTTYgen unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PuTTYgen unterstützten Basisdateien sind .PPK. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PuTTYgen zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PuTTYgen verwendet werden.
Mit PuTTYgen können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PuTTYgen öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PuTTYgen unterstützten Dateiformat zu speichern.