Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PuTTY unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von PuTTY unterstützten Basisdateien sind .PPK. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PuTTY zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PuTTY verwendet werden.
Mit PuTTY können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PuTTY öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PuTTY unterstützten Dateiformat zu speichern.