Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PunkBuster unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PunkBuster unterstützten Basisdateien sind .PBQ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PunkBuster zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PunkBuster verwendet werden.
Mit PunkBuster können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PunkBuster öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PunkBuster unterstützten Dateiformat zu speichern.