Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Puffer unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von Puffer unterstützten Basisdateien sind .PUF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Puffer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Puffer verwendet werden.
Mit Puffer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Puffer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Puffer unterstützten Dateiformat zu speichern.