Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PsychonautsExplorer unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PsychonautsExplorer unterstützten Basisdateien sind .ISB. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PsychonautsExplorer zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PsychonautsExplorer verwendet werden.
Mit PsychonautsExplorer können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PsychonautsExplorer öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PsychonautsExplorer unterstützten Dateiformat zu speichern.