Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PS3 PUP Extractor unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PS3 PUP Extractor unterstützten Basisdateien sind .PUP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PS3 PUP Extractor zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PS3 PUP Extractor verwendet werden.
Mit PS3 PUP Extractor können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PS3 PUP Extractor öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PS3 PUP Extractor unterstützten Dateiformat zu speichern.