Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PS2emu unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PS2emu unterstützten Basisdateien sind .ELF. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PS2emu zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PS2emu verwendet werden.
Mit PS2emu können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PS2emu öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PS2emu unterstützten Dateiformat zu speichern.