Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. protobuf unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von protobuf unterstützten Basisdateien sind .PROTO. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in protobuf zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von protobuf verwendet werden.
Mit protobuf können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über protobuf öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von protobuf unterstützten Dateiformat zu speichern.