Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ProjectWizards Merlin unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von ProjectWizards Merlin unterstützten Basisdateien sind .MERLIN2. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ProjectWizards Merlin zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ProjectWizards Merlin verwendet werden.
Mit ProjectWizards Merlin können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ProjectWizards Merlin öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ProjectWizards Merlin unterstützten Dateiformat zu speichern.