Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. ProjectDox unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von ProjectDox unterstützten Basisdateien sind .NWD. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in ProjectDox zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von ProjectDox verwendet werden.
Mit ProjectDox können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über ProjectDox öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von ProjectDox unterstützten Dateiformat zu speichern.