Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Pro Tools unterstützt mindestens 11 verschiedene Dateiendungen. Die von Pro Tools unterstützten Basisdateien sind .PTX. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Pro Tools zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Pro Tools verwendet werden.
Mit Pro Tools können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Pro Tools öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Pro Tools unterstützten Dateiformat zu speichern.