Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Pretty Good Privacy unterstützt mindestens 11 verschiedene Dateiendungen. Die von Pretty Good Privacy unterstützten Basisdateien sind .SEC. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Pretty Good Privacy zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Pretty Good Privacy verwendet werden.
Mit Pretty Good Privacy können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Pretty Good Privacy öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Pretty Good Privacy unterstützten Dateiformat zu speichern.