Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PQIBrowser unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PQIBrowser unterstützten Basisdateien sind .PQI. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PQIBrowser zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PQIBrowser verwendet werden.
Mit PQIBrowser können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PQIBrowser öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PQIBrowser unterstützten Dateiformat zu speichern.