Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PonyProg unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PonyProg unterstützten Basisdateien sind .E2P. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PonyProg zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PonyProg verwendet werden.
Mit PonyProg können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PonyProg öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PonyProg unterstützten Dateiformat zu speichern.