Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PlexTools unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PlexTools unterstützten Basisdateien sind .PXI. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PlexTools zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PlexTools verwendet werden.
Mit PlexTools können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PlexTools öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PlexTools unterstützten Dateiformat zu speichern.