Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. Pixelmator unterstützt mindestens 5 verschiedene Dateiendungen. Die von Pixelmator unterstützten Basisdateien sind .XPM. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in Pixelmator zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von Pixelmator verwendet werden.
Mit Pixelmator können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über Pixelmator öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von Pixelmator unterstützten Dateiformat zu speichern.