Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PIPE-FLO unterstützt mindestens 2 verschiedene Dateiendungen. Die von PIPE-FLO unterstützten Basisdateien sind .PIPE. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PIPE-FLO zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PIPE-FLO verwendet werden.
Mit PIPE-FLO können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PIPE-FLO öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PIPE-FLO unterstützten Dateiformat zu speichern.