Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PHPEdit unterstützt mindestens 6 verschiedene Dateiendungen. Die von PHPEdit unterstützten Basisdateien sind .PHP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PHPEdit zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PHPEdit verwendet werden.
Mit PHPEdit können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PHPEdit öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PHPEdit unterstützten Dateiformat zu speichern.