Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. phpDesigner unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von phpDesigner unterstützten Basisdateien sind .PHP. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in phpDesigner zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von phpDesigner verwendet werden.
Mit phpDesigner können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über phpDesigner öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von phpDesigner unterstützten Dateiformat zu speichern.