Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PHP Engine unterstützt mindestens 8 verschiedene Dateiendungen. Die von PHP Engine unterstützten Basisdateien sind .GNE. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PHP Engine zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PHP Engine verwendet werden.
Mit PHP Engine können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PHP Engine öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PHP Engine unterstützten Dateiformat zu speichern.