Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PhotoDub Player unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PhotoDub Player unterstützten Basisdateien sind .VAI. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PhotoDub Player zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PhotoDub Player verwendet werden.
Mit PhotoDub Player können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PhotoDub Player öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PhotoDub Player unterstützten Dateiformat zu speichern.