Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PhotoDirecto unterstützt mindestens 5 verschiedene Dateiendungen. Die von PhotoDirecto unterstützten Basisdateien sind .DNG. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PhotoDirecto zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PhotoDirecto verwendet werden.
Mit PhotoDirecto können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PhotoDirecto öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PhotoDirecto unterstützten Dateiformat zu speichern.