Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PhCNC unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PhCNC unterstützten Basisdateien sind .PHJ. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PhCNC zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PhCNC verwendet werden.
Mit PhCNC können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PhCNC öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PhCNC unterstützten Dateiformat zu speichern.