Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PerlEdit unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PerlEdit unterstützten Basisdateien sind .PL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PerlEdit zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PerlEdit verwendet werden.
Mit PerlEdit können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PerlEdit öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PerlEdit unterstützten Dateiformat zu speichern.