Standardmäßig unterstützt jede Software mehrere Dateiendungen. PDFill unterstützt mindestens 1 verschiedene Dateiendungen. Die von PDFill unterstützten Basisdateien sind .PFL. Es werden jedoch nicht immer alle in der Liste aufgeführten Dateiendungen verwendet, um die Auswirkungen der Arbeit in PDFill zu speichern. Sehr oft werden Dateien mit solchen Dateiendungen als Quelldatendateien verwendet, die von PDFill verwendet werden.
Mit PDFill können Dateiformate zwischen den unten aufgeführten Dateiendungen konvertiert werden. Sie können eine Datei mit einer der folgenden Dateiendungen über PDFill öffnen und versuchen, sie in einem anderen, ebenfalls von PDFill unterstützten Dateiformat zu speichern.